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物流公司营改增主要问题
（一）物流各环率不统一，不利于现代物流一体化发展。目前的仍沿用的做法，在税目上将物流业务划分为交通运输服务和物流服务，率分别为11%和6%。实际上，各项物流业务上下关联，很难区分开交通运输服务和物流服务。提供综合物流服务的企业，由于两种服务率、均不同，需要人为分割服务项目，否则，将按11%的税率从高纳税。税目、税率上对物流业务进行的分割一定程度上阻碍了现代物流的一体化运作和一站式服务。
（二）进项抵扣范围较窄，一定程度上增加了企业负担。一方面，营改增试点政策规定，试点之前购置的固定资产已征税款不能纳入进项抵扣范围。交通运输业存量固定资产多，大型交通运输设备（如车辆、船舶等）投入大，沉淀成本高，更新周期长。此规定在一定程度上造成了企业税负的增加。同时，虽然营改增有利于提高企业试点后更新改造设备的积极性，但对试点前购置固定资产的企业不是十分公平，特别是对试点前新近购置了大量固定资产的企业确实显失公平。另一方面，通行费、过闸费、保险费、建筑业等尚未纳入营改增试点，这些支出在企业的成本结构中占有相当的比例，却享受不到进项抵扣政策，增加了企业负担。特别是、码头等基础设施，投入巨大，能否享受抵扣政策，对企业的影响非常大。
（三）交通运输行业尚不完全适应税制。一是交通运输行业特别是公路运输业骨干企业比重小，运输规模化、组织化程度低，在一定程度上影响了企业购买运输设备的能力和需求。二是公路货运及旅游客运、水路运输行业普遍存在经营、承包经营模式，被或发包企业不掌握或承包企业成本情况，相关成本费用无法实现进项税额抵扣。三是交通运输企业化分工程度低，普遍存在大而全或小而全的情况，部分可通过外包方式增加进项税额抵扣的费用支出被内部化了（如维修费用等），无法抵扣。四是目前运力大于运量，运输经营者之间存在恶性竞争，加之交通运输行业处于产业链末端，话语权较弱，使得交通运输企业议价能力总体偏弱，因营改增增加的税负难以通过价格手段向外传导。
（四）交通运输企业内部管理尚不适应改革要求。主要体现在内部管理不够规范、不够精细，导致企业未能充分享受改革红利。
（五）税收征管方式有待改进。一是税务部门对数量、限额等的限制与实际需求不符。二是部分地区存在征管政策标准不统一的情况，造成同业不同税，不利于公平竞争。三是税改的配套政策还不到位。